Thomas A. Anderson lebt zwei verschiedene Leben; am Tag ist er ein durchschnittlicher Programmierer, in der Nacht aber ein Hacker, den man unter dem Namen Neo kennt. Neo zieht die Aufmerksamkeit der Polizei auf sich, als er von Morpheus kontaktiert wird, einem legendären Computerhacker, der vom Staat als Terrorist gesehen wird.

Morpheus bringt Neo in die echte Welt, die nur noch ein Ödland ist, in der ein Großteil der Menschheit von Maschinen gefangen wurde, die die Gehirne der Menschen in eine virtuelle Umgebung mit dem Namen die Matrix verbannt haben. Als ein Rebell gegen die Maschinen sehen die Ausstößigen ihn als den Auserwählten an, der den bevorstehenden Kampf anführen soll.